Outre les murailles et les tours, les églises et les cloîtres marquaient de leur empreinte la physionomie de la ville. De grandes églises, de nombreuses chapelles, trois cloîtres et une quantité de grosses cours se trouvant entre les mains de communautés religieuses influençaient la vie sociale de la ville – et de ce fait, son économie.
À la fin du Moyen-Âge, pape et églises, jusque-là les piliers de la société médiévale, virent s’affaiblir la grande autorité dont ils jouissaient. Suite au Grand Schisme, aux réformes qui échouèrent, à la sécularisation du pape et du clergé, la piété populaire se renforça, avant que la Réforme ne mène à la division de l’Église.